O MEI, embora tenha um regime simplificado, deve emitir nota fiscal em transações com outras empresas (CNPJs), exceto se o cliente emitir uma nota de entrada. Para consumidores finais (pessoas físicas), a emissão é opcional. Não emitir nota fiscal em transações obrigatórias pode ser classificado como sonegação de impostos, sujeitando o MEI a multas e, em casos graves, a pena de prisão. Além das consequências legais, a falta de notas fiscais compromete garantias e a confiança do consumidor. Há diversas opções de notas, como NFA, NFA-e, NF-e, e NFC-e, cada uma adequada a diferentes tipos de transações e necessidades.